Vlastní bolest je u migrény většinou jednostranná, ohraničená na pravou či levou polovinu hlavy. Tato jednostranná bolest dala nemoci i pojmenování. Z latinského "Hemicrania" (tj. polovina hlavy) postupně vniklo starofrancouzské "Hémicráne" a posléze dnešní "Migraine" neboli česky migréna. U většiny pacientů dochází při různých záchvatech ke střídání stran bolesti, ale během jednoho záchvatu obvykle zůstává bolest na stejné straně. Méně často (cca ve 40 %) mívají pacienti bolest oboustrannou, nejčastěji v celé hlavě s maximem v čele a za očima.

Bolest hlavy je u migrény typicky doprovázena dalšími příznaky, podle kterých také můžeme migrénu dobře rozpoznat. Jde o nevolnost, často i zvracení, přecitlivělost na hluk a na světlo. Tyto příznaky společně se silnou a dlouhou bolestí obvykle donutí pacienta ulehnout do zatemněné a tiché místnosti.

Někteří pacienti mají vypozorováno, že pokud se jim podaří při počátku migrénového záchvatu usnout, záchvat se přirozeně ukončí. Toto se bohužel obvykle daří pouze v mladém věku při lehčích záchvatech s relativně mírnější bolestí. Při těžkém záchvatu nedokáže pacient pro velmi silnou bolest a nevolnost ani klidně ležet, natož usnout, bolesti ustupují jen velmi pozvolna a nemocný se většinou cítí normálně až za 2--3 dny.